Au Moyen Âge le port de Strasbourg se trouvait sur l'Ill, le long du quai des Bateliers, dans le centre-ville de Strasbourg. C'est à partir de l'annexion de l'Allemagne que va débuter la construction d'un grand port rhénan sous l'impulsion de la Chambre de Commerce et d'Industrie de Strasbourg. Le premier bassin portuaire a été inauguré en 1892, c'est le Bassin d'Austerlitz, suivi en 1901 du Bassin du Commerce et du Bassin de l'Industrie en 1902. À partir de là , le port de Strasbourg va s'étendre le long du Rhin jusqu'au Sud-Est de la ville. Aujourd'hui le domaine du Port Autonome de Strasbourg s'étend sur 100 km le long du Rhin, de Lauterbourg au Nord à Marckolsheim au Sud, à Strasbourg il couvre une surface de 1 060 ha.